Le village a été fondé vers les années 1300. L'étymologie de son nom reste incertaine, tantôt wolof – fi dagan na dëk signifiant un endroit propice –, tantôt peul – du nom du fondateur, Dagana. Certains disent aussi que la ville a été créee par un nommé Dah venant du Ghana.

Le poste de Dagana (illustration de Côte occidentale d'Afrique, 1890)

L'histoire de Dagana reste liée à celle du royaume du Waalo, dont le brak (roi) guerroya dans la contrée. Le gouverneur de la colonie du Sénégal Schmaltz signa le 8 mai 1819 le Traité de Ndiaw^] avec le brak du Waalo Amar Faatim Borso Mbodj qui aboutit, à la création d’une série de postes commerciaux le long du fleuve Sénégal dont celui de Dagana.

C'est à Dagana que fut célébré le 18 juin 1833^[3] le mariage entre la reine du Walo Ndieumbeutt Mbodj et le roi maure du Trarza, Mohamed El Habib.

Le 9 mars 1908, le marabout toucouleur Aly Yoro Diop (Aali Yero Joop) de Fanaye, au nom de la guerre sainte, attaqua le poste colonial de Dagana avec ses talibés ; il fut tué par la garnison française avec 29 de ses partisans.

Pendant l'ère coloniale, Dagana était un gros centre commercial, lié notamment au négoce de la gomme arabique.

Le village a été érigé en commune le 1^er février 1960 et Makha Sarr, né en 1911 à Dagana, directeur d'école, fut élu premier député-maire de la cité^].